1444 yılında II. Karamanoğlu İbrahim Bey tarafından tamir ettirilmiş; zamanla harap olan câmi, 1636 yılında Mehmed Çavuşoğlu Memi Bey tarafından yıktırılarak yeniden yaptırılmıştır.
Câmi gövdesi kesme taşlardan büyük bir kubbe ile örtülmüştür. On fil ayağının tutmakta olduğu ana kubbe, güneyinde bir yarım kubbe ile desteklenmektedir. Yarım bir kubbe ile örtülen mihrabın bulunduğu kısım dışarıya taşmaktadır. Güney kısmı hariç diğer yönlerde ikinci kat mahfelleri bulunmaktadır. Câmiin içi hat örnekleri ve kalem işi nakışlarla tezyîn edilmiş olup, mermer işlemeli minber ve mihrabı takdire değer sanat eserleridir. Yedi kubbeli son cemaat mahalli de bulunan câminin, tek şerefeli minaresi sonradan ilâve edilmiştir. Câminin güney cephesinde yer alan ve 20. yüzyılın başlarında yıkılan Şeyh Şerâfeddin Türbesi, Vakıflar Bölge Müdürlüğü tarafından 2010 yılında yeniden yaptırılmıştır.
MİNAREDEKİ 6 OK
Caminin minaresindeki 6 okun sırrı ise çözülemiyor... Şerafettin Camisi'nin minaresindeki alemde 5 ok var. Bu okların 6 tane olduğu sağ taraftan bir tanesinin hava şartları nedeniyle zamanla düştüğü söyleniyor. Kimileri CHP'nin tek parti döneminde yerleştirilen parti amblemi olarak yorumluyor, kimileri ise alemdeki 5 okun 'Namazın 5 vaktini veya İslam'ın 5 şartını' temsil ettiğini savunuyor. Alaeddin Camii'nde ise 6 ok var.
Tarihçi Doç. Dr. Caner Arabacı, geçmiş dönemde konuya ilişkin açıklamasında, okların İsmet İnönü zamanında caminin kışla olarak kullanıldığı yıllarda konulmuş olabileceğini belirtmiş ve " Alemi uzaktan bakıldığında sağ tarafta bir boşluk hissediliyor. Denge sola kayık. O tür yapılarda simetri ve denge aranır. Simetrinin sağ tarafında bir boşluk var. Yani en sağdan bir tanesi eksik. Caminin kışla olarak kullanıldığı dönemde konmuş olabilir. Ancak elimizde yazılı belge yok. Alaeddin Camii'ndeki 6 ok için de somut bir bilgi yok. Şerafettin ve Alaeddin Camileri zamanla yıkılıp tekrar onarıldıkları için orijinal alemleri olduğunu söyleyemeyiz" açıklamasını yapmıştı.
CAMİ KIŞLAYA ÇEVRİLMİŞ
İzmir'de yaşayan ve o dönemde Konya'da vatani görevini yapan İhsan Güzel, ölmeden önce yaptığı açıklamada Şerafettin Camii’nin İnönü döneminde kışla olarak kullanıldığını ifade etti. Vatani görevi için 1946 yılında Konya'nın Beyşehir ilçesindeki askerlik şubesine 13 arkadaşıyla teslim olduklarını, askeri araçla Konya'ya getirildiklerini anlatan Güzel, “Kışlamızın bir cami olduğunu görünce çok şaşırdık. Konya Şerafettin Camisi'nin adını o zaman bilmiyordum. Kışlaya çevrilen camide namaz kılınmasına izin verilmiyordu. İnsanlar namazlarını nerede kılıyorlardı bilemiyorum. Bize yemek de vermediler. Ailelerimizin yolluk olarak hazırladıklarını yedik” açıklamasını yapmıştı.
