Mustafa Kemal Paşa, Samsun'dan İstanbul'a dönmesi için saraydan yapılan ısrarlı geri çağırmalar karşısında 8 Temmuz 1919 gecesi görevinden ve askerlik mesleğinden istifa etti. 9. Ordu Müfettişi göreviyle Samsun'a ayak basan Mustafa Kemal Paşa'nın Milli Mücadele'yi örgütlemeye yönelik çalışmaları, İstanbul'daki İngiliz güçlerini tedirgin etmişti. 9. Ordu Müfettişliği görevi de bu arada hükümetin düzenlemesiyle 3. Ordu Müfettişliği olarak değiştirilmişti. İngiliz güçleri komutanı General George Milne, ardından İngiltere Yüksek Komiseri Amiral Caltrop, Amasya Genelgesi'nin yayımlanması öncesinde ve sonrasında birkaç kez saray ve Harbiye Nezareti nezdinde Mustafa Kemal'in geri çağrılması için girişimde bulunmuşlardı. Vükela Meclisinin (Bakanlar Kurulu) 8 Temmuz 1919 günü 3. Ordu Müfettişliğinden alınmasına ilişkin kararının gecesi Mustafa Kemal, sarayla bir telgraf görüşmesi yaptı ve bu görüşme sırasında kendisine resmi memuriyetine son verildiği bildirildi. Mustafa Kemal de saat 22.50'de Harbiye Nezareti'ne, 23.00'te de padişaha resmi görevi ile beraber askerlik mesleğinden istifa ettiğini bildiren telgrafları çekti.
Atatürk, bu olayı daha sonra şöyle anlatıyor: ''Harbiye Nezareti 'İstanbul'a gel' diyor, Padişah, 'Evvela tebdilihava al, Anadolu'da bir yerde otur fakat bir işe karışma' diye başlıyordu. Nihayet 8 Temmuz 1919 gecesi Saray ile açılan bir telgraf muhaberesi esnasında birdenbire perde kapandı ve 8 Haziran'dan 8 Temmuz'a kadar, bir aydır devam eden oyun hitama erdi. İstanbul, benim, o dakikada resmi memuriyetime hitam vermiş oldu. Ben de aynı dakikada, 8 Temmuz 1919 gecesi saat 10.50'de Harbiye Nezareti'ne, saat 11.00'de padişaha silki askeriyeden istifamı müş'ir telgrafları vermiş oldum. Keyfiyet tarafımdan ordulara ve millete iblağ edildi. Bu tarihten sonra resmi sıfat ve salahiyetten mücerret olarak, yalnız milletin şefkat ve civanmertliğine güvenerek ve onun bitmez tükenmez feyiz ve kudret menbaından ilham ve kuvvet alarak vicdani vazifemize devam ettik.''
ARTIK SİVİL BİR ÖNDERDİ
Çok sevdiği askerlik mesleğinden istifa eden Mustafa Kemal, artık sivil bir önderdi. Mustafa Kemal’in hedefi, ulusal bir kongre toplayarak yurdun farklı parçalarında oluşan milli mücadele kıvılcımlarını tek bir çatı altında birleştirmekti. Kazım Karabekir Paşa ise ulusal bir kongreden önce doğu illerini kapsayan bir kongrenin toplanmasını istiyordu. 10 Temmuz’da toplanması planlanan kongre, 23 Temmuz 1919’da başladı. Erzurum delegesi Cevat Dursunoğlu istifa ederek, yerine Mustafa Kemal’in kongre delegesi olarak seçilmesini sağladı. Mustafa Kemal, ilk günü kongre başkanlığına seçildi. Mustafa Kemal’in, ilk kez sivil bir önder olarak başkanlığını yaptığı Erzurum Kongresi’nin toplantısı, 23 Temmuz ile 7 Ağustos 1919 arasında yapıldı. 62 delegenin katıldığı kongre, Kurtuluş Savaşı’nın rotasının oluşturulmasında önemli bir rol oynadı. Temsil açısından bölgesel nitelikte olmasına rağmen alınan kararlar bu kongreye, milli bir nitelik kazandırdı. Manda ve himaye reddedilerek ulusal bağımsızlık direncinin ortaya konulduğu kongrenin, Ege’de başlayan direnişe psikolojik olarak olumlu yansıması oldu.
