Dünyanın her yerinden ziyaretçisi olan Akdamar Kilisesi, mimarisi ve dış cephelerindeki figürlü taş plastiği ile dikkat çekmektedir. Plan bakımından merkezi kubbeli, dört yapraklı yonca biçimli haç plana sahiptir. Orta mekan yüksek kasnaklı, içten kubbe, dıştan piramidal külahla örtülüdür. Kubbenin yüksek tutulması kilisedeki dikey etkiyi açıkça ortaya koymaktadır. Kiliseye batı ve güneyden birer kapı ile girilmektedir. Kilisenin çevresi daha sonraki dönemlerde ilave edilen yapılarla kuşatılmıştır. Kilisenin figürlü repertuarı oldukça zengindir. Bunun yanında İncil ve Tevrat'tan alınmış çeşitli sahneler bulunmaktadır. Yunus Peygamber’in denize atılması, Hz. Meryem ve kucağında İsa, Adem ile Havva'nın Cennet'ten kovulması, Hz. Davut ile Kral Goliat'ın mücadelesi, Samson Filistinli ikilisi, ateşte üç İbrani genci, aslan ininde Daniel sahneleri bunların başlıcalarıdır. Batı cephede Kral Gagik'i kilise maketini sunarken gösteren bir sahne yer almaktadır. Dört yöndeki alınlıklarda İncil yazarları boydan tasvir edilmiştir. Bunlardan başka cephenin alt ve üst kesimlerinde asma sarmaşığından oluşan kuşaklar dolanmaktadır. Bu kuşakların içlerinde çeşitli dünyevi sahneler işlenmiştir. Av sahneleri, çeşitli hayvanlar, güreşçiler ve sarayla ilgili birçok sahneye yer verilmiştir. Ayrıca doğu cephenin tam ortasında asma sarmaşığı bordürünün içerisinde Abbasi Halifesi Muktedir başı haleli, bağdaş kurmuş vaziyette bir elinde kadeh, diğer elinde üzüm tutar vaziyette tasvir edilmiştir. Dini ve dünyevi sahnelerden başka hayvan figürleri yönünden de bir çeşitlilik göze çarpmaktadır. Aralarda serbest biçimde asma sarmaşıkları içerisinde ve çatıların alt kesimlerinde bu zengin hayvan figürlerini görmek mümkündür.

Manastır topluluğunun tarihi IX. yüzyıla kadar inmektedir. Daha sonra 1462'de yenilenen kilise 1703'teki depremde zarar görmüş, 1712-1720 tarihleri arasında tekrar onarım geçirmiştir. Kilise doğu-batı doğrultusunda dikdörtgen bir alana oturmaktadır. Ortadaki merkezi kubbe, batıdan iki serbest ayak ve doğudan apsis duvarına dayanan dört yöndeki kemerlerle taşınmaktadır. Doğudaki apsis beş köşeli olup iki yanında hücreler bulunmaktadır. Batı taraftaki haç kolunu örten kubbe ise, kaburgalı olarak düzenlenmiştir. Merkezi kubbe dışa yüksek kasnaklı piramidal bir külah şeklinde yansımıştır. Batı ve kuzey cepheye açılmış iki kapıyla giriş sağlanmaktadır. Bunlardan batıdaki portal şeklinde bir düzenleme göstermektedir. Kesme taş malzeme kilisenin tamamında kullanılmıştır. Batı tarafına eklenen jamaton ise kare planlı ve dokuz bölümlü olarak düzenlenmiştir. Bölümlerin üzeri aynalı çapraz tonozlarla örtülmüştür. Batı cephesindeki dışa taşıntılı girişin üzeri çan kulesi olarak tertip edilmiştir. Alttaki kapı mukarnas kavsaralarıdır. Bu kısımda da yer yer iki renkli düzgün kesme taş malzeme görülmektedir.

Kilisenin içini de günümüzde büyük ölçüde bozulmuş olan freskler süslemektedir. Bu fresklerde genel olarak Hz. İsa ile ilgili konular işlenmiştir. Düzgün kesme taş malzemeyle inşa edilen yapıda, dış cepheleri süsleyen mimari plastik kiliseye etkin bir görünüm kazandırmaktadır. Orta Asya Türk Sanatı etkilerini de üzerinde barındırması kiliseye fark katmakta ve önemini arttırmaktadır.