Türkiye’de bir kurum olarak ilk müzenin açılması, Avrupa’da ilk müzelerin açılmasından yaklaşık 150 yıl sonra yani 19. yüzyılın ikinci yarısında olmuştur. Aslında daha öncesinde Selçuklu ve Osmanlı dönemlerinde değerleri eşyaların, savaş ganimetlerinin ya da hediye olarak gönderilen eşyaların teşhir edildiği bilinmektedir.

İstanbul’un fethinden sonra cephane deposu olarak kullanılan Aya İrini (Hagia Eirene) Kilisesi’nde çeşitli silahların, savaş ganimetlerinin, kutsal eşyaların toplandığı bilinmektedir. 1730 yılında Aya İrini’de gerçekleştirilen bir onarımın ardından depodaki eserler Darü’l-Esliha adıyla ilk kez sergilenmeye başlanmıştır. Yabancı gezginlerin izin alarak görebildikleri bu sergi halka açık olmadığından tam bir müze haline gelememiştir.

Müzenin bir kurum olarak ortaya çıkmasına yönelik ilk adım ise, Tophane-i Amire müşiri Ahmet Fethi Paşa tarafından atılmıştır. Ahmet Fethi Paşa, Darü’l-Esliha adı verilen koleksiyonu zenginleştirmiş ve sınıflama yaparak iki ana bölüme ayırmıştır. Fransız arkeolog Albert Dumont ise henüz müze olarak tanımlanamayan bu koleksiyonun kataloğunu hazırlamakla görevlendirilmiştir.

Sadrazam Ali Paşa bu kurumu yeniden düzenletmiş ve adını 1869 yılında Müze-i Humayun (İmparatorluk Müzesi) olarak değiştirmiştir. Bu yıllarda Maarif Nazırı Esad Safvet Paşa imparatorluğun pek çok bölgesinden tarihi eserlerin getirilmesini sağlayarak koleksiyonu genişletmiştir.

Müze-i Humayun’un ilk müdürü Galatasaray Mektebi (Mekteb-i Sultani) öğretmenlerinden Dr. Edward Goold olmuştur. Daha sonra sorumluluğu tarihçi ve arkeolog Alman Dr. Philip Anton Dethier almış ve 1874 yılında Maarif Nazırı olan Abdülatif Suphi Paşa ile birlikte eski eserleri korumaya yönelik kanunlar içeren Asar-ı Atika Nizamnamesi’nin çıkarılmasına öncü olmuştur.

Eserler Aya İrini’deki Müze-i Humayun’a sığmayınca Abdülatif Suphi Paşa arkeolojik eserlerin yer aldığı Mecmua-i Asar-ı Atika denilen kısmının Çinili Köşk’e taşınıp yeni müze açılmasını önermiştir. Bu öneri sonucu müze olarak düzenlenen Çinili Köşk’e eserler taşınarak her kesimden ziyaretçiye açık hale getirilmiştir.

1880 tarihinde açılan bu mekan Aya İrini’de oluşturulan koleksiyonun gerçek anlamda müzeye dönüştüğü yer olmuştur. 1881 yılında Dr. Dethier’in ölümünün ardından Çinili Köşk’teki müzeye müdür olarak atanan Osman Hamdi Bey’le birlikte Osmanlı müzeciliğinde önemli ilerlemelerin gerçekleşeceği yeni bir dönem başlamıştır.

Türkiye’de ilk bilimsel kazıları başlatan Osman Hamdi Bey, Adıyaman Nemrut Dağı, Lübnan’da Sayda (Sidon) Krallar Mezarı, Muğla-Lagina kazılarını yürütmüş ve çıkan eserleri müzeye getirtmiştir.

Sayda’dan getirilen 26 lahit müzeye sığmayınca yeni bir müze binasının yapılması yönünde çalışmalar başlamıştır.

Avrupa’daki müzeler gibi kütüphane ve fotoğraf stüdyosu gibi atölyelere yer verilen yeni müze tasarımı Fransız asıllı mimar Alexander Vallaury tarafından yapılmıştır. 13 Haziran 1891’de Müze-i Humayun adıyla ziyarete açılan günümüzde ise İstanbul Arkeoloji Müzesi olarak bilinen müzeye 1903 ve 1907 yıllarında ek binalar yapılmıştır. Bu müzeyle Osmanlıda modern müzecilik anlayışı başlamıştır.