Kızılırmak vadisinin güney yamacında denizden yaklaşık 1150 m. yükseklikte yer alır. Şehrin en eski adının Nyssa olduğu ileri sürülmektedir. Ancak Nyssa’nın yerinin bugünkü Nevşehir’e mi yoksa Nar’a mı tekabül ettiği tam olarak belli değildir. Bölgenin Osmanlı idaresine girmesinden sonra şehrin yerinde Muşkara adlı bir köy mevcuttu. Muşkara, XVIII. yüzyılın başlarında imar faaliyetleri ve iskân siyaseti neticesinde “yeni kurulan şehir” mânasına Nevşehir adını aldı. Bu ad yanında Osmanlı bürokratik yazışmalarında zaman zaman Nevşehr-i Dilârâ ismiyle de anılmıştır.

Milâttan önce 1650 yıllarından itibaren uzun süre Hititler’in idaresinde kalan Nevşehir yöresinin milâttan önce XII. yüzyılda Ege göç kavimlerinden ve arkasından VII. yüzyılda Kafkaslar’dan gelen Kimmer ve İskit akınlarından oldukça etkilendiği, bir ara Asurlular’ın idaresine girdiği, milâttan önce 550-332 yılları arasında Persler’in, daha sonra Kapadokya Krallığı, Roma ve Bizans’ın yönetimine geçtiği belirtilir. Bölge, Bizans döneminde özellikle VI-IX. yüzyıllar arasında hıristiyan halkın yumuşak kayaları oyarak yer altı şehirleri oluşturdukları bir sığınak yeri haline geldi. Bunun yanında İslâmiyet’in yayılmaya başlamasıyla birlikte Anadolu’ya akınlarda bulunan müslümanlar için bir uç bölgesi oldu. Hem Müslümanların bölgeye akınları, hem de VII. yüzyılda Bizans’ta tasvir (ikona) yanlılarına karşı bir hareketin güç bulmaya başlaması, yer altı şehirlerine sığınan Hıristiyan halkın sayısında giderek bir artış meydana getirdi.

Malazgirt Savaşı’ndan sonra Selçuklular’ın idaresine geçen bölge 1243 Kösedağ Savaşı’nın ardından Moğol-İlhanlı nüfuzu altına girdi. 1317’de Anadolu umumi valiliğine getirilen Timurtaş’ın yönetimine bırakıldı. XIV. yüzyıl ortalarında Eretnalılar’ın hâkimiyetine geçti. 766 (1365) yılına doğru Karamanoğulları tarafından ele geçirildi. Daha sonra Sivas merkez olmak üzere bir devlet kuran Kadı Burhâneddin’in idaresine girdi. Bölge, XIV. yüzyılın sonlarına doğru Kadı Burhâneddin ve Karamanoğulları ile Osmanlılar arasındaki nüfuz mücadelelerine sahne oldu. Bu mücadeleler esnasında önce Karamanoğulları’nın, ardından Osmanlılar’ın eline geçti (800/1398). Ancak Osmanlılar’ın bölge üzerindeki hâkimiyeti uzun sürmedi ve Ankara Savaşı’nın (1402) neticesinde Timur tarafından Karamanoğulları’na verildi. Timur’un Anadolu’dan çekilirken bölgedeki bazı aşiret gruplarını beraberinde götürmesiyle boşalan yerlere Dulkadırlı Türkmenleri yerleşti ve yörenin bir kısmı Dulkadiroğulları’nın nüfuz ve idaresine girdi. 894 (1489) tarihli Osmanlı arşiv kayıtlarında bölgede bulunan Ürgüp nahiyesindeki Develi zeâmetinin, daha önceki yıllarda bölgede yöneticilik yapan ve Osmanlı yanlısı bir siyaset takip eden Dulkadir hânedanından Alâüddevle Bozkurt Bey’in oğlundan mahlûl olduğunun belirtilmesi (BA, MAD, nr. 17893, s. 351) bu durumun bir yansıması olmalıdır. Bu çerçevede Fâtih Sultan Mehmed döneminde hem Osmanlı-Karamanoğulları hem Osmanlı-Dulkadiroğulları arasındaki nüfuz mücadelelerine sahne olan bölgenin bir kısmı Karamanoğulları’ndan (872/1468), bir kısmı da Dulkadiroğulları’ndan Osmanlılar’a intikal etti. Bölgenin muhtemelen Dulkadiroğulları’nın elinde kalan ve Maraş ile Elbistan’a doğru uzanan son kısımları Yavuz Sultan Selim devrinde Osmanlı topraklarına dahil oldu (921/1515).

Nevşehir’in çekirdeği olan Muşkara köyü ve çevresinde Osmanlı hâkimiyeti altında cereyan eden önemli bir hadise tespit edilememektedir. Osmanlı idarî teşkilâtı içinde Muşkara köyü Niğde sancağının Ürgüp kazasına bağlıydı. 924’te (1518) idarî bakımdan Ürgüp kazasının Uçhisar nahiyesinin köyleri arasında yer almaktaydı. Toplam on altı köyü olan Uçhisar nahiyesinin Muşkara’dan başka nahiyeye adını veren Uçhisar ile Ortahisar, Nar ve Sulusaray adlarıyla bilinen önemli köyleri vardı (BA, TD, nr. 455, s. 803-810). Bu tarihte Muşkara köyü seksen altı hâne, on dokuz bekârdan oluşan yüz beş nefer erkek nüfusa (yaklaşık 450 kişi) sahipti (BA, TD, nr. 455, s. 809-810). Bunların tamamı gayrimüslim olmakla birlikte içlerinde gerek kendi adı gerekse baba adı Türkçe olan şahıslar da bulunuyordu. Bu durumun Anadolu’da Türkçe konuşan Ortodoks Hıristiyanların mevcudiyetinden veya 1071 Malazgirt Savaşı’ndan önceki dönemlerde Anadolu’ya gelen ve dinî bakımdan Hıristiyan olmalarından dolayı bu gibi isimleri alan Türkler’in varlığından kaynaklandığı belirtilir. Bu tespit köyün Osmanlılar’dan önceki dönemlerde kurulmuş olabileceğine işaret eder.

Muşkara köyünün 1530 yıllarında toplam erkek nüfusu 150 neferdir (yetmiş hâne, seksen mücerret). Bir önceki tahrire göre nüfusta belirli bir artış görülmekle birlikte bunun hâne itibariyle değil bekâr/mücerret sayısının artmasıyla ilgili olduğu dikkati çekmektedir. Nüfus bakımından ise bir önceki 450 sayısının 1530’da da hemen hemen aynı kaldığı görülür (BA, TD, nr. 387, s. 180). Bundan elli yıl kadar sonrasına ait kayıtlar Muşkara köyünün nüfus yapısında belirli bir değişime işaret eder. Nitekim 992’de (1584) toplam vergi mükellefi 185 nefer olan köyün sâkinlerinin Müslüman ve gayri müslim olarak iki dinî ve sosyal gruptan oluştuğu anlaşılır. Nüfusun kırk altı neferi Müslüman, 139 neferi gayri müslimdi. Bu nüfus oluşumunun ihtidâlardan ziyade elli yıl boyunca tedrîcen köye dışarıdan gelip yerleşmelerle ilgili olduğu düşünülebilir. Toplam vergi mükellefinin birinin tam çiftlik, kırk dokuzunun yarım çiftlik miktarı toprağı olduğu, altmış beşinin ise daha küçük toprak parçalarını işlediği, altmış beşinin toprağı olmadığı, beşinin vergi vermeyen zümreye dahil olduğu tespit edilmektedir (TK, TD, nr. 135, vr. 220a-b). Bu rakamlara göre sivil nüfus toplamı yaklaşık 1000 civarında idi. XVII. yüzyıl ortalarında Muşkara köyünün kırk beş avârızhânesi vardı (BA, MAD, nr. 6510, vr. 26a-b). Burada bir avârızhânenin kaç gerçek hâneden oluştuğu bilinmediği için köyün toplam nüfusu hakkında kesin bir rakam vermek güçtür. Ancak bu dönemde Celâlî hareketlerinin Anadolu’yu oldukça etkilediği dikkate alınırsa nüfusun 1584 yılına göre bir azalma içine girdiği, dolayısıyla XVII. yüzyıl ortalarındaki nüfusun 1584’teki rakamın daha altında 500 civarında bulunduğu tahmin edilebilir.

Nevşehir’in esas nüvesini teşkil eden Muşkara köyünde Selçuklu devrinde yapıldığı anlaşılan bir kale mevcuttur. Kale, söz konusu dönemde muhtemelen bölgenin güvenlik ve asayişine yönelik bir fonksiyonu yerine getiriyordu. XVIII. yüzyılın başlarına kadar normal bir köy durumunda olan Muşkara köyü kasaba durumuna gelmesini sağlayan asıl fizikî, mimari ve demografik gelişmelere Damad İbrâhim Paşa’nın sadrazamlığı döneminde (1718-1730) sahne oldu. Bunun en önemli sebebi köyün Damad İbrâhim Paşa’nın doğduğu yer olmasıydı. 1690’a doğru İstanbul’a gelen İbrâhim Paşa köyü ile alâkasını kesmemiş ve mânevî bağlarını koparmamıştı. Nitekim 1730 yıllarında şehirde oturan hâne sahipleri arasında yer alan İbrâhim Paşazâde Mehmed Bey (TK, Nevşehir Evkaf Defteri, nr. 2135, s. 2) Damad İbrâhim Paşa’nın akrabalarındandı. Bunun yanında Muşkara köyü bulunduğu yer itibariyle de gelişmeye oldukça uygundu. Köy Aksaray, Niğde ve Kayseri şehirlerini birbirine bağlayan yolların kesiştiği bir derbent yeri durumundaydı; bu bakımdan hem buralara gelip giden kervanların hem de muhtelif ticaret erbabı ve tüccarın uğrak yeriydi.

Muşkara’nın bir kasabaya veya şehre dönüşümünün gerçekleştirilmesi için önce dönemin padişahı III. Ahmed, bir hatt-ı hümâyun ile damadı İbrâhim Paşa’ya Muşkara köyünü hibe ve temlik etti. Ardından İbrâhim Paşa kendi vakıf hayratı olarak köyde yoğun bir imar faaliyeti başlattı. Bunun için inşaata nezaret etmek üzere merkezden bir bina emini tayin edildi. İmar faaliyetleri sonunda Muşkara köyünü şehre dönüştüren cami, medrese, sıbyan mektebi, han, hamam, imaret, çeşme ve bunlara bağlı dükkânlarla vakıf ve diğer yöneticilerin ikametleri için binalar yapıldı (bk. DAMAD İBRÂHİM PAŞA KÜLLİYESİ). Bunların önemlileri devrin ünlü şairlerinden Nedîm, Seyyid Vehbî, Dürrî ve Âsım’a yazdırılan kitâbeler ve İstanbul’dan gönderilen nefis eserlerle süslendi. Ayrıca bu imar faaliyetleri esnasında kale yeni baştan tamir ettirildi ve halkın güvenliğini sağlamak için sur yaptırıldı. 1730’da kalede kale dizdarı, topçu neferatı ve cebehânenin yanı sıra bir mehter takımının bulunması buranın faal bir durumda olduğunu gösterir.

Muşkara köyü yeni bir şehir halini alınca bu özelliğine atfen 1137 (1725) yılında Nevşehir adını aldı. Doğrudan merkezî idare tarafından verilen bu adın bürokratik yazışmalarda kullanımı için ilgili kalem ve makamlara bir de ferman gönderildi (Çelebizâde Âsım, s. 383-384). Bu arada kaza merkezi olan Ürgüp’te oturan kadı Nevşehir’e nakledildi ve davalara buradan bakmaya başladı. Bunun yanında şehrin nüfusunu arttırmak ve buraya yerleşmeyi cazip hale getirmek için vergi muafiyeti sağlandı ve dışarıdan her türlü malî, askerî müdahaleye kapatıldı (“mefrûzü’l-kalem ve maktûü’l-kadem min külli’l-vücûh serbest”). Ayrıca İbrâhim Paşa’nın bütün emlâk, arazi, bağ ve bahçesi bu yerdeki dinî ve içtimaî tesislere vakfedildi. Şehirde dinî ve sosyal tesislerin inşasının devam ettiği 1140 (1727) yıllarında merkezde yaşayan nüfusun en az 289 nefer olduğu ve bu nüfus içinde bir kasaba veya şehirde bulunması gereken zaîm, sipahi, yeniçeri, cebeci, kethüdâ yeri, imaret şeyhi, hatip ve imam gibi görevlilerin bulunduğu tespit edilmektedir (TK, Nevşehir Evkaf Defteri, nr. 2135, s. 2-6). Bu durum köyden şehre dönüşümün hızlı bir şekilde gerçekleştiğini göstermektedir. Ayrıca buraya çevre köylerden yetmiş yedi nefer nüfusun henüz yeni gelmiş olduğu dikkati çekmektedir (TK, Nevşehir Evkaf Defteri, nr. 2135, s. 6-7). Bu nüfusu yetersiz gören merkezî idare şehre göçü teşvik etmeye başladı. Bunun için konar göçer durumdaki aşiretlere öncelik verildi ve Boynu İnceli Türkmenleri’ne mensup oymak ve cemaatlerin şehre iskânı yönünde karar alındı. Bu kararın alınmasında söz konusu Türkmenler’in çevre halkı ile bir kaynaşma içinde olması, belirli bir gelire sahip bulunması ve içlerinde okuma yazma bilen “hâccü’l-haremeyn ve zî-kudret” kimselerin yer alması rol oynamıştı. Bu hususlar çerçevesinde Boynu İnceli Türkmenleri’ne bağlı cemaat veya oymak ahalisi içinde 800 hânenin seçilerek Nevşehir’e, diğer kalan grupların ise Nevşehir bölgesinde teşkil edilen köylere yerleştirilmesine karar verildi.

“Şehir evi” veya “şehirli” olarak Nevşehir’e yerleştirilecek Boynu İnceli Türkmenleri’ne mensup çeşitli göçebe grupları yirmi beş civarındaydı. Bu gruplar arasında dikkati çeken en önemli özellik “mahalle-i oymak-ı Boynu İncelü”, “mahalle-i oymak-ı Sıdıklu, mahalle-i oymak-ı Kürt Mahmadlu, mahalle-i oymak-ı Turasanlu, mahalle-i Arzmanoğlu an-oymak-ı Dânişmend, mahalle-i Şah Nazaroğlu an-İfrâz-ı oymak-ı Dânişmendli, mahalle-i oymak-ı Herikli, mahalle-i oymak-ı Kütüklü” örneklerinde olduğu gibi grup adının hem “mahalle” hem “oymak” tabirleriyle birlikte zikredilmiş olmasıdır. Buradaki oymak, esasında “bir göçebe grubuna mensup olan ve onun bir parçasını teşkil eden topluluk” anlamında kullanılırken mahalle ifadesi, her bir grubun bir mahalle teşkil edecek şekilde toplu bir halde bir birim oluşturduğunun işareti olmalıdır.

Nevşehir’e yerleştirilecek göçebe gruplarının tespit edilmesinin ardından bunlara ev inşa edecekleri arsalar verildi. Ancak şehrin kurulduğu yerin ev için yeni arsa üretmeye pek uygun olmaması sebebiyle şehirle Nar köyü arasındaki kesim de iskâna açıldı. Şehrin vakıf statüsünde olmasından dolayı ev inşa edecek kimselerden arsa bedeli olarak yılda bir defa 1,5 kuruş icar bedeli alınması ve arsanın mülkiyet üzere tasarruf edilmesi kararlaştırıldı. Böylece ev sahiplerinin vefatı halinde evlerin evlâtlarına veya vârislerine intikal etmesi mümkün olabilmekteydi. İnşa edilen bu evler genellikle çeşitli odalarla ahır, ambar ve bunların etrafını çeviren bir avludan meydana gelmekteydi. 800 hânenin tamamı olmasa bile büyük bölümünün yerleştiği Nevşehir’de bu yeni göçmen grubunun geleneksel hayat tarzlarına uygun düzenlemeler yapıldığı, hatta önce şehirli oldukları gerekçesiyle evlerini boş bırakıp yazın yaylaya gitmelerinin yasaklandığı, fakat daha sonra evleri tamamen boşaltmamak, otuz kırk gün sonra dönmek ve kışın mutlaka şehirde bulunmak gibi kararlar alındığı görülmektedir. Böylece Nevşehir devlet eliyle ve sıkı iskân politikalarıyla oluşturulmuş bir şehir özelliği kazanmıştır.

Yapılan bu iskân hareketleri neticesinde 1730 yıllarında Nevşehir’in nüfusu birkaç bine ulaştı ve artık bir kasaba haline geldi. Tanzimat’tan sonra 1840’taki idarî düzenlemelerde “Nevşehir maa Ürgüp” adı altında Niğde muhassıllığının ve ardından genellikle Niğde sancağının kazaları arasında yer aldı. Nüfusunun önemli bir kısmını Müslümanların meydana getirdiği Nevşehir’de Türkçe konuşan ve yazılarını Grek harfleriyle Türkçe yazan Ortodoks Hıristiyanlar oldukça faaldi. 1899’da kasabadaki toplam 17.660 nüfusun 10.972’si Müslüman, 6080’i Ortodoks’tu. Aynı tarihte kazanın toplam nüfusu 50.000’in üzerinde idi. 1912’de basılmış, Grek harfleriyle Türkçe kaleme alınan bir salnâmede ise burada 21.526 kişinin yaşadığı, bunun 13.210’unun Türk, 7306’sının Ortodoks Rum, 878’inin Ermeni, seksen yedisinin Ermeni Protestan ve elli beşinin Ermeni Katolik olduğu belirtilir. Çarşısında 1055 dükkân, dokuz han ve on iki fırın bulunmaktaydı. Rum Ortodokslar’a ait iki kiliseden Hagios Georgios 1797’de yapılmıştı. Bu dönemde kalenin bulunduğu dağın doğu, batı ve kuzeyindeki mahallelerde Türkler, dağın güneyindeki dereden aşağı kısma uzanan yerlerde Rumlar, kuzey düzlükte az sayıda bulunan Ermeniler yaşıyordu. XIX. yüzyılın son çeyreğinde burada otuz bir cami ve mescit, üç dört kilise, 1256 dükkân, iki han mevcuttu. Kurtuluş Savaşı’ndan sonra yapılan nüfus mübadelesiyle Nevşehir’den ayrılan Ortodoks Hıristiyanların yerine Balkanlar’dan gelen Müslümanlar yerleştirildi.